企業產品不符合領域;研發項目或高新技術產品不屬于申報領域;企業所屬行業屬傳統及淘汰行業，比如高污染、高能耗的落后技術。

其中國家重點支持的高新技術領域包括：電子信息、生物與新醫藥、航空航天、新材料、高技術服務、新能源與節能、資源與環境、先進制造與自動化八大領域。

財務問題是高企申報失敗最主要原因之一，問題包括財務核算不規范和財務數據不符。

財務核算不規范：研發費用含無形資產攤銷金額，財務報表中無無形資產、會計報表沒有研發核算、多個研發項目的研發經費雷同、研發費用大于管理費用等。

財務數據不符：收入與稅務系統數據不一致、專項審計報告與年度財務報表數據不一致、財務報表年期末數與下一年期初數不一致、財務報表附注與主表數據不一致、填寫的財務數據與申報報告數據不一致等。

這個問題上主要癥狀是部分研發項目未通過認定以及高新技術產品不被認可，導致扣除后的收入比例不達標。造成比例不足的原因可能是，對高企申報的要求理解不到位;或者忽視了技術描述，對研發項目與產品的技術說明和證明材料的整合與挖掘不到位。

企業在申報高企時，其知識產權得分低有兩方面原因：

第一，不滿足規則層面的要求。例如企業總共只有5項實用新型，或者企業填了10項軟著但近三年只有5項有效，必然會扣分;再比如，企業只有一個發明，但是評審時發現，這個發明的權利人不是申請主體，或者這個發明未繳年費已經失效，都會導致其不被認可。

第二，不滿足技術層面的要求。比如，企業有16項軟著，但是專家評審時認為，其中兩項軟著在技術上沒有區別，于是只認可了其中一項，導致扣分。

企業申報時缺乏必備材料如企業研發的產品沒有取得生產批文、高新技術產品證明材料不足、研發項目證明材料不足、科技成果轉化證明材料不足等。

有些大規模的集團企業，其銷售的產品或服務種類眾多，但是并不是都能歸屬到高新技術的領域里，所以會導致有些企業總收入較高，但是高新產品或服務的收入較低，達不到認定所需要的比例要求。

企業轉化能力得分低的原因主要有兩個方面：

第一，錯誤理解了科技成果轉化的內涵和邏輯，有的企業甚至將成果和轉化結果弄反了;

第二，缺少科技成果轉化的材料與支撐。科技成果轉化不僅有數量要求，更有質量要求。

人員結構不符主要表現在科技或研發人員比例不達標、科技研發人員的專業不符、研發人員不滿足183天、人員花名冊的結構不合理、人員花名冊的真實性存疑、研發機構名稱與管理水平中的文件存在矛盾、研發費用中的研發人員工資與人員花名冊中的人員數量存在矛盾等方面。

現代化的企業管理制度要求企業內部職能完備，分工明確，并有完善的制度管理，認定辦法中對研發組織管理水平也有相應的指標要求，對于一些管理較為不規范的企業來說，需要在申報之前進行調整。